Käsikirjoituskokoelmaan kuuluu sekä kokonaisia arkistoja että erillisiä asiakirjoja. Viimeksi mainitut ovat päätyneet kirjastoon lähinnä perustamisvaiheen kirjakeräyksissä saatujen lahjoitusten mukana eikä tätä kokoelmaa ole koskaan ollut tarkoitus tietoisesti kartuttaa. Kokonaisia yksityisarkistoja otettiin vastaan myöhemminkin, mutta niitä on myös siirretty täältä muihin arkistoihin, jos on katsottu, etteivät ne millään tavoin liity Turun yliopistoon.
